사업자용 공인인증서 등록과 홈택스에서 전자세금계산서 발행방법 및 가산세 피하는 수정발급 팁
초보 사장님들이 사업을 시작하며 가장 먼저 맞닥뜨리는 ‘거대한 벽’ 중 하나가 바로 전자세금계산서입니다. “종이로 주면 안 되나?”, “공인인증서는 왜 이렇게 종류가 많지?”라며 당황하신 적 있으시죠? 하지만 전자세금계산서는 사업의 투명성을 증명하는 가장 기본이자, 세액 공제 혜택까지 챙길 수 있는 똑똑한 시스템입니다. 사업 초기라면 매출보다는 사업관련 지출이 많을 시기로 세금계산서를 받은 만큼 환급도 가능합니다.
복잡해 보이는 홈택스 전자세금계산서 발행 방법부터 수정 발행 방법까지 쉽고 상세하게 정리해 보겠습니다.

1. 전자세금계산서란?
세금계산서는 사업자가 간 재화 또는 용역을 공급할 때 부가가치세를 거래징수하고 이를 증명하기 위하여 주고 받는 법적 증명서류를 말합니다.
종이로 작성하던 세금계산서를 인터넷(홈택스)을 통해 전자적 방식으로 발행하고 국세청에 전송하는 방식을 전자세금계산서라고 합니다. 사업자라면 이런 세금계산서와 현금영수증 발행을 자주 하게 되기에 기본적인 개념과 발행방법과 수정 발행에 대한 프로세스를 이해하고 있어야 합니다.
- 부가가치세 신고: 매입/매출 세액을 확정하여 부가세 신고 시 기초 자료로 활용됩니다.
- 비용 및 시간 절감: 종이 인쇄나 우편 발송 비용이 들지 않으며, 분실 위험이 없습니다.
- 세액 공제: 개인사업자의 경우 전자발급 시 건당 세액공제 혜택(연간 한도 내)을 받을 수 있습니다.
* 참고로 세액이 0원인 비과세 상품은 세금계산서가 아닌 전자계산서를 발행하게 됩니다. (홈택스에서 발행 가능)
2.사업자용 공동인증서 발급 및 홈택스 등록
전자세금계산서나 현금영수증 발행을 위해서는 홈택스에 사업자 로그인이 필수입니다. 그럴려면 먼저 전자세금계산서용 공동인증서가 반드시 필요합니다. 일반 개인용 인증서로는 발행이 불가능하니 주의하세요!
1). 공동인증서 발급 방법
사업자용 인증서(전자세금계산서용 인증서)는 평소 거래 하는 은행이나 한국범용인증센터 등에서 발급받을 수 있습니다. 사업자라면 주거래 은행이 있기 마련이기에 평소 자주 이용하는 은행에서 인증서를 발급받으면 될듯 합니다.(사업자 계좌 필요)
- 은행 방문/접속: 거래하시는 은행의 기업 인터넷뱅킹 사이트에 접속합니다.
- 인증서 종류 선택: ‘전자세금계산서용(연 4,400원)’ 또는 모든 업무가 가능한 ‘범용(연 110,000원)’ 중 선택하여 발급받습니다.
- 발급 완료: 하드디스크나 USB 등에 인증서를 저장합니다.
2). 홈택스 등록 및 로그인
국세청 홈택스 접속 후 우측 상단의 [인증센터] 클릭
[공동·금융인증서 등록] 메뉴에서 사업자등록번호 입력 후, 방금 발급받은 인증서로 본인인증을 완료합니다.
이후 홈택스에 로그인 시 [공동·금융인증서] 버튼을 눌러 사업자로 로그인하면 준비 끝!
*참고로 매년 5월 종합소득세 신고시에는 사업자용 인증서가 아닌 개인용 인증서로 로그인을 해야 합니다.
3. 전자세금계산서 발행 절차 (건별 발급)
전자세금계산서 발행하기 위해서는 먼저 상대방의 사업자등록증과 전자세금계산서용 메일주소가 필요합니다.
미리 거래업체에 요청하여 메일로 받아야 합니다.
홈택스 메뉴 이동: 메뉴 > 계산서,영수증,카드 > 전자(세금)계산서 발급 > 전자(세금)계산서 발급 선택
전자세금계산서 발행 페이지가 뜹니다. 좌측은 공급자, 우측은 공급받는자의 정보를 입력합니다.
하단쪽에는 거래한 상품(재화, 용역 등) 정보과 거래일자, 가격(공급가액+세액)을 입력합니다.

공급자: 본인의 사업자 정보가 자동으로 뜹니다. 정확한지 확인하세요.
공급받는 자: 상대방의 사업자등록번호를 입력하고 [확인]을 누릅니다. 정확한 사업자가 맞는지 확인합니다.
이후 각 항목에 맞게 상호, 대표자명, 사업장 주소, 업태, 종목, 이메일 주소를 필수로 입력합니다.
상세 내용 작성:
작성일자: 실제 거래가 일어난 날짜를 선택합니다.
품목: 규격, 수량, 단가를 입력하면 공급가액과 부가세가 자동 계산됩니다.
예를 들어 110,000원짜리 상품을 거래했다면 단가는 110,000원, 공급가액은 100,000원, 세액은 10,000원이 자동 입력됩니다.
발행 완료: 하단의 [발급하기] 버튼을 누르고, 다시 한번 사업자용 인증서 비밀번호를 입력하면 발행이 완료됩니다.
발행이 완료되면 공급자의 이메일과 공급받는자의 이메일로 각각 세금계산서 정보가 전송되고, 홈택스에도 관리가 됩니다.
4. 잘못 발행했다면? 수정발행 방법
계약취소 또는 이미 발행한 (세금)계산서의 기재사항에 착오나 정정 등의 사유가 발생한 경우에는 취소[전액 감소(-)] 혹은 변경된 가액 만큼(+,-) 수정 세금계산서를 발급하여야 합니다.이메일 주소 착오기재나 미입력하여 발급한 경우 수정세금계산서 발급 대상이 아닙니다.
홈택스 메뉴 이동: 메뉴 > 계산서,영수증,카드 > 전자(세금)계산서 발급 > 전자(세금)계산서 수정발급 선택
조회 및 선택: 수정할 대상 세금계산서를 기간별로 조회한 뒤 체크합니다.
사유 선택 (매우 중요!):
기재사항 착오정정: 금액이나 사업자 번호를 잘못 적었을 때 (기존 것 취소(-)와 새 것(+)이 동시에 생성됨)
계약의 해제: 거래 자체가 취소되었을 때 (기존 것 취소(-)분만 생성됨)
환입: 물건이 반품되었을 때
발행: 사유에 맞춰 수정된 내용을 확인하고 발급 버튼을 누릅니다.
팁: 전자세금계산서는 원칙적으로 거래 다음 달 10일까지는 발행을 완료해야 가산세를 피할 수 있습니다. 잊지 말고 미리미리 챙기세요!
5. 세금계산서 관련 가산세 기준
세금계산서는 거래가 발생한 달의 다음 달 10일까지 발급하고 국세청(홈택스)로 전송을 완료를 해야 합니다. 재화나 용역을 공급할 때 발행하는 것이 원칙이지만, 거래가 빈번한 사업자의 편의를 위해 ‘월합계 세금계산서’ 제도를 활용할 수 있습니다. 즉 거래가 빈번한 동일한 업체의 경우 1-30일 까지의 거래 내역을 합산하여 매월 1월에 세금계산서 발행이 가능합니다.
- 세금계산서 발급기한 : 거래가 발생한 달의 다음달 10일까지 발급완료
- 세금계산서 전송기한 : 발급일의 다음 날까지 국세청 전송완료
세금계산서 관련 가산세
세금계산서는 거래가 발생한 달의 다음달 10일까지 발급하고 전송을 해야 하지만, 1월 거래내역을 2월 10일까지는 작성일자를 1월로 해서 발행이 가능합니다. 돈을 못 받았다는 이유로 발행을 안해면 ‘세금계산서 미발급’에 해당하여 공급가액의 2%가산세를 물게 됩니다. 외상이라도 기한 내 세금계산서를 의무적으로 발행해야 가산세를 피할수 있습니다.
- 미발급 : 발급시기가 지난 후 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한 내에 발급하지 않은 경우는 공급가액의 2%(매입세액 불공제)
- 발급지연 : 발급시기가 지난 후 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한 내에 발급한 경우는 공급가액의 1%, 수취자는 0.5%
- 종이계산서 발행 : 전자세금계산서 발행 대상인 사업자가 세금계산서 외의 세금계산서 발급시 공급가액의 1%
- 전송지연 : 발급일의 다음 날이 지난 후 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 전송시 0.3%
- 미전송 : 발급일의 다음 날이 지난 후 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 미전송시에는 공급가액의 0.5%
지금까지 홈택스를 통한 전자세금계산서 발행 및 수정 절차를 차근차근 살펴보았습니다. 처음에는 인증서 등록이나 메뉴 위치가 낯설어 시간이 걸릴 수 있지만, 한두 번만 직접 해보시면 금방 손에 익으실 거예요. 주의할 점은 발행 기한(익월 10일)을 놓치면 아까운 가산세를 물 수도 있다는 사실입니다! 오늘 정리해 드린 내용을 잘 참고하셔서 성실 납세와 절세, 두 마리 토끼를 모두 잡는 스마트한 사장님이 되시길 응원합니다.
